新三板的分层制度实施即将满1年，股转系统2016年5月27日发布《挂牌公司分层管理办法（试行）》后，当年共有953家公司进入创新层，目前尚有941家公司。根据一年一调整的原则，5月最后一个交易周的首个交易日，也就是从5月29日开始，一批不及格的公司将被降至基础层，另外一些优秀公司将进入创新层。
截至4月底，新三板总计有10554家公司完成年报披露，还有559家公司未按时披露年报。
根据Wind资讯提供的数据和股转系统发布的《分层管理办法》，针对目前已经公布2016 年年报的新三板企业，在不考虑合格投资者数量和董秘资格证的情况下，原基础层公司中有1004 家达到创新层筛选标准，原创新层公司中有269 家因不符合维持标准或其他原因面临调离创新层，还有672家符合维持标准。调整后，新三板挂牌企业中将最多有1676家符合创新层筛选标准。
创新层公司数量或大增
根据《分层管理办法》，基础层公司进入创新层，需要满足共同标准以及三条差异化标准之一。
在不考虑合格投资者数量和董秘资格证的情况下，1004家基础层公司符合新晋级创新层条件。同时符合三项差异化标准及共同标准的基础层公司有2家，同时符合两项差异化标准及共同标准的基础层公司为126家，仅符合一项差异化标准及共同标准的基础层公司为876家。仅符合标准一的有298家，仅符合标准二的有539家，仅符合标准三的有39家。
当前创新层公司如果想留在创新层，同样需满足共同标准，以及三条差异化的维持标准之一，否则将被调入基础层。
同样是在不考虑合格投资者数量和董秘资格证的情况下，有672家创新层公司符合维持创新层条件。其中同时符合三项差异化标准及共同标准的创新层公司为72家，同时符合两项差异化标准及共同标准的创新层公司为272家，仅符合一项差异化标准及共同标准的创新层公司为328 家。仅符合标准一的有164 家，仅符合标准二的有124 家，仅符合标准三的有40 家。
在面临离开创新层的269家公司当中，60家公司不满足任何一条差异化标准，59家公司因未在4月底前披露2016年年报而无缘创新层，149家公司满足至少一条差异化标准，但却不满足共同标准。此外还有新天药业因为已经在主板成功过会，所以未来不会出现在创新层中。
申万宏源认为，不满足任何一条差异化标准的公司只占不到四分之一，共同标准影响的范围更大，其中“最近60 个可转让日实际成交天数占比不低于50％”是大部分公司离开创新层的主要原因。
“绊脚”的合格投资者要求
当然，目前悬念最大的还是合格投资者数量这一问题。在符合维持标准的672家创新层公司当中，177家公司2016年底股东数小于50人。2016年年报所披露的公司股东人数是2016年12月30日的股东数量，而《分层管理办法》所指的合格投资者数量，为截至今年4月30日的合格股东数量。从2016年年底到今年的4月底还有4个月的时间，挂牌公司股东当中的合格投资者可能发生较大变动，因此也就存在很大的不确定性。
具体来看，《分层管理办法》规定，新晋级创新层和维持创新层的挂牌公司，其股东当中的合格投资者不少于50人。机构投资者应符合注册资本500万元人民币以上的法人机构或实缴出资总额500万元人民币以上的合伙企业其中之一；如果股东为金融产品，合格投资者应为金融机构或者相关监管部门认可的其他机构管理的金融产品或资产；如果投资者为自然人，必须同时满足投资者本人名下前一交易日日终证券类资产市值300万元人民币以上和具有两年以上证券投资经验。
联讯新三板研究院认为，“合格投资人数不少于50人”这一共同标准过高。许多创新层企业就是因为难以达到这个要求而面临被调出的，创新层现行维持标准制定的初衷是鼓励创新层企业公众化，提高创新层企业的流动性。但在近一年内，新三板行情低迷，流动性并未得到明显改善，股东人数问题反而成为令许多创新层企业头疼的非经营业绩问题。
创新层红利何在？
新三板公司对于创新层的渴望源自得到更多的制度红利，但分层实施一周年来，创新层公司并未看到真正的好处。
5月10日，全国股转系统监事长邓映翎在某论坛上表示，在制度的设计方面，目前新三板仍处于探索阶段。分层的差异化制度安排正在推进，目前分层披露年报的时机已经成熟，创新层的公司在2017年必须实行上市公司的审核标准，基础层公司的年报披露截止日期可推迟到6月30日。在超过11000家公司的基础上，创新层应至少具备3000家至4000家公司的规模，即至少三分之一比例的新三板企业应进入创新层，然后才能实施再分层制度。
这意味着，再分层制度需要在2017年年报披露完毕、新分层标准制定发布后，即2018年6月以后，伴随创新层企业规模大幅扩容满足设定条件后，方可具备推出的条件，今年已无推出的可能性。
在东北证券分析师付立春看来，完全相同的政策红利难以匹配高度分化的市场。对于分别从三项标准筛选出的创新层企业，如果简单地采取统一的标准，给予完全相同的政策红利，在实际运行过程中将存在匹配性问题，无法满足这个高度分化的市场。现在新三板分层制度只划分基础层、创新层两层，还不足以完全达到和覆盖交易所级别的流动性更强、更集中的制度红利。
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